Pondok Pesantren Ulumul Qur’an didirikan oleh alm. Bapak H. Rojam dan almarhumah Ibu Hj. Zubaedah dan dirintis oleh putranya alm. KH. Edi Junaedi, S.Ag sejak tahun 1992 di atas lahan 4 ha dengan pola Taman Pendidikan Al-Qur’an disingkat TPA. Selanjutnya pada tahun 1993 dikembangkan menjadi pondok pesantren di wilayah Sawangan Bogor saat itu dan sekarang menjadi kecamatan Bojongsari Kota Depok. Sejak awal berdirinya, Pondok Pesantren Ulumul Qur’an telah menjadikan pengajaran membaca Al-Qur’an sebagai prioritas pembelajaran bagi santri-santrinya. Bahkan seluruh materi pelajaran yang diberikan kepada santri-santrinya diorientasikan untuk mendukung pembelajaran Al-Qur’an termasuk menghafal Al-Qur’an. Di samping itu, sebagai salah satu pesantren yang didirikan oleh alumnus Pondok Modern Darussalam Gontor dan Pondok Tahfidz Darul Huffadz Bone Sulawesi Selatan, KH. Edi Junaidi, Pondok Pesantren Ulumul Qur’an juga mengusung semangat bahwa menghafal Al-Qur’an merupakan program yang menjadi unggulan dan ciri khas Pondok Pesantren Ulumul Qur’an di samping sistem pembelajaran yang berbasis KMI (Kulliyyatul Mu’llimin Al-Islamiyyah) dan penguasaan bahasa asing yang menjadi kurikulum unggulan di Pondok Modern Darussalam Gontor. Hal ini mendorong PPUQ untuk mengembangkan program menghafal Al-Qur’an guna melahirkan generasi-generasi yang Qur’ani.